西国三十三所のうち最大規模の寺院で書写山（しょしゃざん）に位置し、「西の比叡山」と呼ばれるほど寺格は高く、中世には、比叡山、大山とともに天台宗の三大道場と称された巨刹である。京都から遠い土地にありながら、皇
西国三十三所のうち最大規模の寺院で書写山（しょしゃざん）に位置し、「西の比叡山」と呼ばれるほど寺格は高く、中世には、比叡山、大山とともに天台宗の三大道場と称された巨刹である。京都から遠い土地にありながら、皇族や貴族の信仰も篤く、訪れる天皇・法皇も多かった。
境内は、仁王門から十妙院にかけての「東谷」、摩尼殿（観音堂）を中心とした「中谷」、3つの堂（三之堂）や奥之院のある「西谷」に区分される。伽藍がある標高371mの書写山は、兵庫県指定の書写山鳥獣保護区（特別保護地区）に指定されている。個人の写真撮影について、圓教寺では「ご自身の目で見えるものは自由にお撮りください」と告知されている。
山内には、姫路藩本多氏の墓所である本多家廟所があり、そこには本多忠刻に仕え殉死した宮本武蔵の養子・宮本三木之助などの墓もある。室町時代の応永5年（1398年）から明治維新まで女人禁制であったため、女性は東坂参道の入口にある女人堂（現・如意輪寺）に札を納めて帰った。
近年では、2003年公開のハリウッド映画『ラスト サムライ』のほか、NHK大河ドラマ『武蔵』(2003年)や『源氏物語千年の謎』(2011年)、『天地明察』(2012年)、NHK大河ドラマ『軍師官兵衛』(2014年)、『駆け込み女と駆け出し男』『黒衣の刺客』(2015年)、『本能寺ホテル』『3月のライオン』『関ヶ原』(2017年)、『G.I.ジョー：漆黒のスネークアイズ』(2021年) のロケ地になった。
