山口県萩市椿東に所在。旧社格は県社。山陰本線（JR西日本）東萩駅下車。
1890年（明治23年）、松陰の実家・杉家の邸内に松陰の実兄杉民治が土蔵造りの小祠を建て、松陰の遺言により愛用していた赤間硯と松
山口県萩市椿東に所在。旧社格は県社。山陰本線（JR西日本）東萩駅下車。
1890年（明治23年）、松陰の実家・杉家の邸内に松陰の実兄杉民治が土蔵造りの小祠を建て、松陰の遺言により愛用していた赤間硯と松陰の書簡とを神体として祀ったのが当社の創建である。1907年（明治40年）、共に松下村塾出身の伊藤博文と野村靖が中心となって神社創建を請願し、萩城内にあった鎮守・宮崎八幡の拝殿を移築して土蔵造りの本殿に付し、同時に県社に列格した。現在の社殿は昭和30年に新しく建てられたものである。創建当時の土蔵造りの旧社殿は松下村塾での門人を祭る末社・松門神社となっている。
境内には松下村塾が現存している。また松陰幽囚の旧宅・吉田松陰歴史館などがある。2009年10月28日には松陰没後150年を記念し、宝物殿『至誠館』が開館した。また、2017年12月18日には明治改元（1868年）から150年の節目に際し、“自立学習の祖”と記した「吉田松陰先生」顕彰碑が建立された。2018年12月18日には北参道と言われた松門神社に続く小径に吉田松陰が残した言葉を記した碑を25本建立し、その北参道を"学びの道"とした。萩市で学問の神として最も尊敬を集める神社であり、正月には多くの初詣客が訪れる。
