由来記などによると、1590年（天正18年）、平良大首里大屋子が海難に遭って漂流したものの8年後に無事帰島できたことを神のおかげとして、沖縄本島の波上宮より熊野三神を勧請し、宮古権現堂を建立した。1611年
由来記などによると、1590年（天正18年）、平良大首里大屋子が海難に遭って漂流したものの8年後に無事帰島できたことを神のおかげとして、沖縄本島の波上宮より熊野三神を勧請し、宮古権現堂を建立した。1611年（慶長16年）、薩摩藩による先島検地の際、上奏により瓦葺に改築。以後、琉球処分に至るまで公費をもって管理された。
1925年（大正14年）に豊見親二柱（與那覇恵源命（与那覇勢頭豊見親）及び仲宗根玄雅命（仲宗根豊見親））を祭る町社・宮古神社が創建された。
1940年（昭和15年）に紀元二千六百年記念事業として、当時荒廃していた両社を合わせた新・宮古神社の建立が決定し、県社への昇格を目指し奉賛会を組織。1941年（昭和16年）、宮古権現堂を宮古神社に改称し、町社・宮古神社の二柱の神を増祀。境内地を西里5番地（現在の境内地）に移し、1944年（昭和19年）に新・宮古神社へ遷座が行われた。県社昇格が内定したが、戦災炎上。
漲水御嶽に祭神を一時遷祀。1956年（昭和31年）、目黒盛定政命（目黒盛豊見親）を増祀。1980年（昭和55年）、旧境内地（西里1番地）に本殿、拝殿を再興し、遷座祭を斎行。
社殿の老朽化、宮古島市の誕生などの節目を迎え、2008年（平成19年）、「宮古神社御造営奉賛会」を組織。平成の御造営に向けて活動を開始する。2010年（平成22年）に、かつての境内地である西里5番地に新社殿が竣工、6月25日に遷座祭を斎行した。
